Фонд специализируется на предоставлении стипендиальных программ по магистратуре по направлению «Менеджмент в государственном управлении». Перспективные государственные служащие, проработавшие на государственной службе не менее двух лет, имеют возможность бесплатно обучаться по этой магистерской программе.

Ежегодно Фонд вместе с Академией государственного управления при Президенте Республики Таджикистан принимает более 100 студентов на высококонкурентной основе по всей стране. Эта программа действует с 2009 года, всего обучен 641 человек. В настоящее время по этой программе обучаются 116 представителей госслужбы. Таким образом, проекты, реализуемые Фондом в области продвижения и развития государственного управления, имеют фундаментальное значение для развития Таджикистана.

Фонд Ханнса Зайделя поддерживает тесную связь с выпускниками совместных магистерских программ Фонда и Академии государственного управления при Президенте Республики Таджикистан регулярно организуя им различные курсы по повышению квалификации/переквалификации, и постоянно обновляет базу данных стипендиатов, проводя оценку их карьерного роста после обучения.